Pues debiera de aplicar los cambios, a menos que tengas cache aljada ya sea del navegador, cloudflare o tu mismo servidor que no las haga en tiempo real.
Por otro lado ese tema tiene bastantes partes de código que son obsoletas y que no requieren tantas llamadas, hay muchas partes desordenadas, códigos sobrantes, etc.
No sé si así lo hayan puesto, pero creo que si. Yo no uso ni un motor externo más que los que ya trae el mismo mybb para ahorrar cargas innecesarias por todos esos scripts que son llamados.
Algunas etiquetas están mal expuestas, y algunas partes no quedan bien terminadas, por ello puedes tener algunos problemas en esto de modificar el diseño, pero no todas, porque yo ahora intente hacer cambios y si los aplica bien.
Sería interesante ver a detalle como y cuando surge tu problema para saber a que puede deberse. Es un buen tema ese, pero la verdad tiene muchísimas cosas que no deberían estar ahí
Lo único que creo es necesario es bootstrap, la fuente y si a caso algunos scripts menores, pero yo no uso ni uno de esos aditamentos porque siempre escribo mis códigos lo más legibles y limpios posibles para que puedan modificarlos al gusto.
Pero regresando a lo que importa, se debe poder modificar, has intentado crear un host local, hacer todos los cambios ahí y cuando termines de hacerlo todo subir tu tema a tu host ?
Es como siempre trabajo yo para hacerlo de forma práctica y funcional ya que muchas veces la cache nos hace darnos topes en la pared y más cuando no caduca por largos periodos de tiempo, ya sea por reglas de un archivo htaccess, alguna protección del servidor mismo, etc.
Saludos...